Sie dehnten ihren Siedlungsraum immer weiter aus. Die romanisch sprechende Urbevölkerung verschwand allmählich. Im Zuge dieser Entwicklung wurde auch Seedorf alemannisiert. Damals dürfte auch der Ortsname "Seedorf" entstanden sein. Er erklärt sich leicht aus der Lage der Siedlung an der Seebucht. Unsicher ist die Forschung hingegen, ob der Name auf alemannischen oder fränkischen Einfluss zurückgehe, oder ob er gar erst um 1200 von kleinburgundischen Adelsfamilien aus dem bernischen Seelande importiert worden sei. Aufgrund der neuesten archäologischen Untersuchungen im Bereich der Turmruine, welche Siedlungsspuren bereits für die Zeit um 1000 n. Chr. freilegten, darf jedoch angenommen werden, der Name sei schon in früh- oder mittelalterlicher Zeit entstanden. Dafür spricht auch der Umstand, dass sich während des 13. Jh. das Gebiet um das Kloster als "Oberdorf" von Seedorf abhebt, was auf die Weiterentwicklung einer älteren Siedlungsstruktur schliessen lässt.
Der Name Seedorf ist erstmals im Jahre 1206 in historischen Schriften erwähnt. Die Lage am See und die Fischerei mögen namensgebend gewesen sein.